Cơ quan trực thuộc

• Văn phòng
• Thanh tra
• Phòng Tài chính
• Phòng Khoa học Quân sự
• Phòng Thông tin Khoa học Quân sự
• Phòng Điều Tra Hình Sự
• Toà án Quân sự Thủ đô Hà Nội
• Viện kiểm sát Quân sự Thủ đô Hà Nội
• Bộ Tham mưu

Tham mưu trưởngː Thiếu tướng Bùi Trọng Quỳnh

Phó Tham mưu trưởngː Đại tá Nguyễn Hữu Lanh

Phó Tham mưu trưởngː ​Đại tá Phạm Thanh Hải

• Cục Chính trị

Chủ nhiệm: Đại tá Nguyễn Khắc Nhân

• Cục Hậu cần

Chủ nhiệm: Đại tá Nguyễn Hồng Hải

Phó Chủ nhiệm: Đại tá Vũ Đình Hưng

• Cục Kỹ thuật

Chủ nhiệm: Đại tá Phạm Quang Trung

Đơn vị trực thuộc

• Sư đoàn Bộ binh 301[5]
• Trung đoàn Pháo binh 452[6]
• Tiểu đoàn Tăng - Thiết giáp 47[7]
• Tiểu đoàn Thông tin 610[8]
• Tiểu đoàn Kiểm soát quân sự 103[9]
• Tiểu đoàn Công binh 544[10]
• Tiểu đoàn Đặc công 18[11]
• Trường Quân sự Bộ tư lệnh
• Trường Trung cấp nghề số 10
• Ban chỉ huy quân sự các quận, huyện, thị xã